Dès l’achèvement du Canal Royal du Languedoc (les révolutionnaires le rebaptisent en Canal du Midi, en 1789), on avait commencé à réfléchir à la création d’un canal latéral à la Garonne.

Le 17 décembre 1828, une ordonnance est votée prescrivant l'étude de ce canal.

Une société privée de Bordeaux, la Compagnie Magendie se voit attribuer cette étude, confiée plus particulièrement à Alexandre Doin qui est chargé de la rédaction des études.

Autorisée à construire l’ouvrage en 1832, la Compagnie Magendie va faire faillite avant d’avoir pu commencer les travaux. En 1838, l’État prend en main le projet et décide d’en confier la responsabilité à l'Inspecteur Divisionnaire des Ponts & Chaussées : Jean-Baptiste de Baudre (1773-1850).

Il va désormais se consacrer exclusivement à cet immense chantier.

Après sa mort, C’est Napoléon III qui fait terminer les travaux.

En 1856, le canal Latéral est enfin inauguré, la même année que le chemin de fer Bordeaux - Toulouse.

La Compagnie des Chemins de fer du Midi ayant obtenu la concession des deux ouvrages.